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Summary: 3D-Dock
incorporating FTDock (version 2.0), RPScore, and Multidock
Gidon Moont, Graham R. Smithand Michael J. E. Sternberg
March 2001
Contents
1 Introduction 3
1.1 Key to font usage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
1.2 Requirements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
2 Algorithms 4
3 Installation 5
4 Tutorial 10
5 Manuals 13
5.1 preprocess-pdb.perl . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
5.2 change-pdb-chain-id.perl . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
5.3 ftdock . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
5.4 rpscore . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
5.5 rpdock . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
5.6 filter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
5.7 build . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
5.8 randomspin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
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