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Journal de la Socit Franaise de Statistique Vol. 151 No. 1 (2010)
 

Summary: Journal de la Société Française de Statistique
Vol. 151 No. 1 (2010)
Peaks detection and alignment for mass
spectrometry data
Anestis Antoniadis 1, Jérémie Bigot 2,3 and Sophie Lambert-Lacroix 1
Titre: Détection et alignement de pics en spectrométrie de masse
Abstract: The goal of this paper is to review existing methods for protein mass spectrometry data analysis, and to
present a new methodology for automatic extraction of significant peaks (biomarkers). For the pre-processing step
required for data from MALDI-TOF or SELDI-TOF spectra, we use a purely nonparametric approach that combines
stationary invariant wavelet transform for noise removal and penalized spline quantile regression for baseline correction.
We further present a multi-scale spectra alignment technique that is based on identification of statistically significant
peaks from a set of spectra. This method allows one to find common peaks in a set of spectra that can subsequently be
mapped to individual proteins. This may serve as useful biomarkers in medical applications, or as individual features for
further multidimensional statistical analysis. MALDI-TOF spectra obtained from serum samples are used throughout
the paper to illustrate the methodology.
Résumé : Le but de cet article est de faire une revue des méthodes existantes pour l'analyse de données protéomiques
issues de spectromètres de masse, et de présenter une nouvelle méthodologie pour l'extraction automatique de pics
significatifs (bio-marqueurs). Pour les étapes de pré-traitement nécessaires pour des données issues de spectres
MALDI-TOF ou SELDI-TOF, nous utilisons une approche purement nonparamétrique qui combine la transformée en
ondelettes invariante par translation pour le débruitage et la régression quantile pénalisée à partir de splines pour la

  

Source: Antoniadis, Anestis - Laboratoire Jean Kuntzmann, Université Joseph Fourier

 

Collections: Mathematics